Contrariamente a lo que se creía, el responsable de la temida policía política de Hitler no sobrevivió a la Capitulación del Tercer Reich y murió ese mismo año de 1945.
Su cuerpo quedó enterrado en una fosa común del cementerio judío del barrio berlinés de Mitte, dijo a ese rotativo el director del centro de Documentación de la Resistencia, Johannes Tuchel, tomando como fuente textos hallados en diversos archivos.
Esta información contradice la versión que persistía en los servicios secretos de la Alemania occidental, según los cuales Müller sobrevivió al fin de la Segunda Guerra Mundial y se trasladó a vivir a la ciudad checa de Karlovy Vary.
Según Tuchel, los restos mortales del jerarca nazi fueron hallados e identificados, en agosto de 1945, en una tumba provisional cercana a lo que fue el ministerio de Aviación del Reich.
Müller fue identificado porque llevaba aún su uniforme de general y su hoja de servicios en el bolsillo, tras lo cual fue trasladado a una fosa común del citado cementerio judío.
El presidente del Consejo Central de los Judíos de Alemania, Dieter Graumann, calificó a ese medio como de “mal gusto monstruoso” el hecho de que se decidiera enterrar a “uno de los más sádicos nazis” justamente en un cementerio judío, cuestión que considera un insulto a la memoria de las víctimas.