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La contaminación por nitratos, la concentración de la extracción de agua en el oeste del acuífero y la salinización del agua en el norte son los principales problemas a los que se debe hacer frente mediante una gestión holística del acuífero, que considere de forma integrada los recursos superficiales y subterráneos como un único recurso, indica parte del informe leído en una reunión por el Ing. David Fariña, encargado de la Dirección General de Protección y Conservación de los Recursos Hídricos (DGPCRH).
Agregó que el proyecto permitió la implementación de un plan de monitoreo para realizar un control y vigilancia del acuífero para anticiparse a los problemas que puedan surgir, los modelos de flujo y transporte suponen una herramienta predictiva con la que se puede evaluar los escenarios futuros de explotación y mapas de vulnerabilidad.