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Ausente en el juego de ida, en el que Junior cayó 2-1 en La Paz, Borja se recuperó a tiempo de una lesión y dio vuelta a la serie con un gol de cabeza al minuto 12.
En la recta final John Pajoy (81) y Fredy Hinestroza (90+6) liquidaron a la ‘Academia’, que terminó con diez jugadores por la expulsión del atacante argentino Leonardo Ramos al minuto 69.
A pesar del marcador, los colombianos sufrieron durante buena parte del partido ante un rival agresivo pero sin puntería.
Los tiburones se unirán al gigante argentino River Plate, al brasileño Fluminense y a Santa Fe de Colombia en el Grupo D de la Libertadores. Bolívar buscará revancha en el Grupo C de la Copa Sudamericana, que está integrado por Jorge Wilstermann (Bolivia), Arsenal (Argentina) y Ceará (Brasil).